本館置館長、副館長、主任秘書各一人，設各組、室，分別掌理有關業務。各單位主要職掌及本館組織系統表如下：
- 研究發展組 : 掌理美術史、美術理論與美術技法之研究及發展。
- 展覽組 : 掌理美術作品展覽、國際美術作品交流及展示服務管理。
- 典藏管理組 : 掌理美術作品之徵集蒐藏、考據鑑定、分類登記、整理、保存及修護。
- 教育推廣組 : 掌理美術教育之推廣與規劃、美育推廣專輯及書刊之編印。
- 圖書資料組 : 掌理美術圖書資料之蒐集、整理、保存、利用及服務等相關業務。
- 秘書室 : 掌理研考、法制、文書、檔案、印信、出納、庶務、採購、財產管理、工友（含技工、駕駛）之管理、機電設備、營繕工程及其他不屬於各組、室之事項。
- 人事室 : 掌理人事事項。
- 政風室 : 掌理政風事項。
- 主計室 : 掌理歲計、會計及統計事項。